Eiropas Bēgļu fonds ir izveidots pēc Kopīgās rīcības (Joint Action) apstiprināšanas 1999.gada 26.aprīlī (1999/290/JHA) un tika apstiprināts Eiropas Savienības Padomē, pamatojoties uz Eiropas Savienības dibināšanas līguma K.3.pantu, kas nosaka projektu un pasākumu īstenošanu ar mērķi nodrošināt praktisku atbalstu bēgļu un pārvietoto personu uzņemšanai un brīvprātīgai repatriācijai, kā arī ieskaitot ārkārtējo palīdzību personām, kuras atrodas bēgļu gaitās pēc Kosovas notikumiem.
Eiropas Savienības Padomes 2000.gada 28.septembra Lēmums Nr.2000/596/EK, ar ko izveido Eiropas Bēgļu fondu, nosaka Fonda darbību laika posmā no 2000.gada 1.janvāra līdz 2004.gada 31.decembrim. Pēc 2004.gada 1.maija Latvijai kā Eiropas Savienības dalībvalstij radās iespēja saņemt palīdzību no Fonda 100 908 EUR apmērā.
Saskaņā ar Latvijas Republikas Ministru kabineta 2004.gada 28.maija rīkojumu Nr.363 „Par Eiropas Bēgļu fondu" Pilsonības un migrācijas lietu pārvalde (turpmāk – Pārvalde) ir noteikta par Eiropas Bēgļu fonda vadošo iestādi Latvijā.
Eiropas Bēgļu fonda ietvaros ir izveidota Vadības komiteja, kuras sastāvā ir pieci valsts institūciju un nevalstisko organizāciju pārstāvji un kura veic iesniegto projektu izvērtēšanu, atlasi un projektu īstenošanas uzraudzību.
Eiropas Bēgļu fonda vadību, uzraudzību un kontroli nosaka: